Na Ukrainie naddnieprzańskiej ukształtowały się odrębne organizacje wojskowe grupujące zbiegłych chłopów, awanturników, ludzi wyjętych spod prawa. Nazywali siebie Kozakami. Zamieszkiwali oni tereny za porohami na Dnieprze. Nad Kozakami nikt nie sprawował faktycznie władzy. Żyli niezależni od nikogo, nie płacili podatków i pańszczyzny. Na początku nie było ich dużo. Z biegiem czasu Kozaków przybywało. Uciekali i przyłączali się do nich także obywatele Rzeczpospolitej, przede wszystkim niezadowoleni chłopi. Tak Kozacy rośli w potęgę. Przyczyn wojny z Kozakami było wiele, między innymi: problem religijny, napięcia społeczne, łupieszcze wyprawy Kozaków na Turcję, powstanie rejestru Kozaków.
Gdy Polska prowadziła wojnę z Rosją król obawiał się, że w przyszłości Kozacy mogą wystąpić przeciw niemu. Dlatego też postanowił stworzyć ich spis. Kozacy rejestrowi tworzyli w wojskach polskich formacje lekkiej jazdy i piechoty. Doradcy króla chcieli zmusić silą nierejestrowych Kozaków do rejestru, ale ci nie chcieli utracić wolności. Resztę Kozaków sejm nakazał traktować jako "w chłopy obrócone pospólstwo". Do takiej decyzji sejmu przyczynił się wybitnie hetman Stanisław Koniecpolski. Był to wielki błąd Rzeczpospolitej, bowiem utracono ostatnią możliwość stworzenia Rzeczpospolitej Trojga Narodów. Decyzja sejmu warszawskiego zaowocowała wybuchem buntu kozackiego. Od końca XVI wieku wybuchło kilka powstań kozackich, np. powstanie Kosińskiego (1591-1593), Nalewajki (1595-1596), Fedorowicza (1630). Ich przyczyna było żądanie powiększenia rejestru i bezwzględność magnatów wobec ludności kozackiej. W 1648roku doszło do największego powstania. Przewodził nim Bohdan Chmielnicki. Jego przyczyną były zawiedzione nadzieje Kozaków na wojnę z Turcją oraz nasilające się konflikty społeczne na Ukrainie. Chmielnickiemu udało się uzyskać poparcie Tatarów. Połączone siły kozacko-tatarskie zadały wojskom polskim dotkliwe klęski w bitwach nad Żółtymi Wodami, pod Korsuniem i Piławcami. Do powstania przyłączyli się chłopi, napadając na dwory i miasta, mordując szlachtę, duchowieństwo katolickie i Żydów. Kiedy król Władysław IV zmarł, na tronie zasiadł Jan Kazimierz, a spory co do sposobu postępowania z powstańcami spowodowały brak przeciwdziałania wojsk polskich. Kozacy podeszli aż pod Lwów i Zamość. Polska próbowała się bronić zwołując pospolite ruszenie, ale niestety nieskutecznie. O przebiegu wydarzeń zadecydowała postawa chana tatarskiego, który odstąpił od Chmielnickiego za cenę olbrzymiego okupu. W takiej sytuacji została zawarta ugoda zborowska, w wyniku, której Chmielnicki został hetmanem Ukrainy, a rejestr powiększono do 40 tysięcy Kozaków. Widocznie te postanowienia nie zadowoliły Kozaków gdyż działania wojenne zostały wznowione. Bohdan Chmielnicki zrozumiał, że na Tatarów nie może liczyć, a o własnych siłach nie zdoła walczyć z Rzeczypospolitą, dlatego zwrócił się do Rosji. W styczniu 1654 roku do Perejasławia przybyło poselstwo rosyjskie, aby porozumieć się z radą kozacką co do warunków, na których Ukraina uznałaby zwierzchnictwo cara. Wkrótce została zawarta ugoda, która proklamowała zjednoczenie nadnieprzańskich ziem ukraińskich z Rosją. Ugoda perejasławska nie została uznana przez Rzeczypospolitą, która nie zamierzała rezygnować z obszarów nadnieprzańskich. W tej sytuacji Rosja rozpoczęła w lecie 1654 roku wojnę.
Polacy zdołali jednak uzyskać pomoc Tatarów, którzy tym razem przeciwstawili się zbytniemu wzmocnieniu Rosji. W 1655 roku, pod Ochmatowem, wojska polsko -tatarskie odniosły zwycięstwo nad Kozakami. Wojnę jednak przerwano z powodu potopu szwedzkiego. Po śmierci Chmielnickiego nowym hetmanem kozackim został Jan Wyhowski, który próbował przekreślić ugodę perejasławską z Rosją. W 1658 roku podpisał on w Hadziaczu ugodę z Polską. Kozacy nie mieli zaufania do Rzeczypospolitej, obawiali się, że uzyskane ustępstwa nie zostaną dotrzymane.
Pod wodzą syna Chmielnickiego, Juraszka, rozgorzała wojna polsko-rosyjska, ponieważ Kozacy znowu zwrócili się w stronę Rosji. Wyprawy rosyjskie w 1660 roku skończyły się niepowodzeniami, jednak z powodu wewnętrznych konfliktów Polacy nie wykorzystali w pełni zwycięstwa. Przeciągająca się wojna wykazała, że żadna ze stron nie była zdolna do utrzymania w swym ręku całości ziem ukraińskich. Podpisano rozejm w Andruszowie w 1667 roku, w którym Rosja i Rzeczpospolita godziły się na podział Ukrainy. Ukraina Prawobrzeżna należało do Polski, a Lewobrzeżna do Rosji. Wytyczona została nowa granica między obydwoma państwami
Na Ukrainie naddnieprzańskiej ukształtowały się odrębne organizacje wojskowe grupujące zbiegłych chłopów, awanturników, ludzi wyjętych spod prawa. Nazywali siebie Kozakami. Zamieszkiwali oni tereny za porohami na Dnieprze. Nad Kozakami nikt nie sprawował faktycznie władzy. Żyli niezależni od nikogo, nie płacili podatków i pańszczyzny. Na początku nie było ich dużo. Z biegiem czasu Kozaków przybywało. Uciekali i przyłączali się do nich także obywatele Rzeczpospolitej, przede wszystkim niezadowoleni chłopi.
Tak Kozacy rośli w potęgę. Przyczyn wojny z Kozakami było wiele, między innymi: problem religijny, napięcia społeczne, łupieszcze wyprawy Kozaków na Turcję, powstanie rejestru Kozaków.
Gdy Polska prowadziła wojnę z Rosją król obawiał się, że w przyszłości Kozacy mogą wystąpić przeciw niemu. Dlatego też postanowił stworzyć ich spis. Kozacy rejestrowi tworzyli w wojskach polskich formacje lekkiej jazdy i piechoty. Doradcy króla chcieli zmusić silą nierejestrowych Kozaków do rejestru, ale ci nie chcieli utracić wolności. Resztę Kozaków sejm nakazał traktować jako "w chłopy obrócone pospólstwo". Do takiej decyzji sejmu przyczynił się wybitnie hetman Stanisław Koniecpolski. Był to wielki błąd Rzeczpospolitej, bowiem utracono ostatnią możliwość stworzenia Rzeczpospolitej Trojga Narodów. Decyzja sejmu warszawskiego zaowocowała wybuchem buntu kozackiego. Od końca XVI wieku wybuchło kilka powstań kozackich, np. powstanie Kosińskiego (1591-1593), Nalewajki (1595-1596), Fedorowicza (1630). Ich przyczyna było żądanie powiększenia rejestru i bezwzględność magnatów wobec ludności kozackiej. W 1648roku doszło do największego powstania. Przewodził nim Bohdan Chmielnicki. Jego przyczyną były zawiedzione nadzieje Kozaków na wojnę z Turcją oraz nasilające się konflikty społeczne na Ukrainie. Chmielnickiemu udało się uzyskać poparcie Tatarów. Połączone siły kozacko-tatarskie zadały wojskom polskim dotkliwe klęski w bitwach nad Żółtymi Wodami, pod Korsuniem i Piławcami. Do powstania przyłączyli się chłopi, napadając na dwory i miasta, mordując szlachtę, duchowieństwo katolickie i Żydów. Kiedy król Władysław IV zmarł, na tronie zasiadł Jan Kazimierz, a spory co do sposobu postępowania z powstańcami spowodowały brak przeciwdziałania wojsk polskich. Kozacy podeszli aż pod Lwów i Zamość. Polska próbowała się bronić zwołując pospolite ruszenie, ale niestety nieskutecznie. O przebiegu wydarzeń zadecydowała postawa chana tatarskiego, który odstąpił od Chmielnickiego za cenę olbrzymiego okupu. W takiej sytuacji została zawarta ugoda zborowska, w wyniku, której Chmielnicki został hetmanem Ukrainy, a rejestr powiększono do 40 tysięcy Kozaków. Widocznie te postanowienia nie zadowoliły Kozaków gdyż działania wojenne zostały wznowione. Bohdan Chmielnicki zrozumiał, że na Tatarów nie może liczyć, a o własnych siłach nie zdoła walczyć z Rzeczypospolitą, dlatego zwrócił się do Rosji. W styczniu 1654 roku do Perejasławia przybyło poselstwo rosyjskie, aby porozumieć się z radą kozacką co do warunków, na których Ukraina uznałaby zwierzchnictwo cara. Wkrótce została zawarta ugoda, która proklamowała zjednoczenie nadnieprzańskich ziem ukraińskich z Rosją. Ugoda perejasławska nie została uznana przez Rzeczypospolitą, która nie zamierzała rezygnować z obszarów nadnieprzańskich. W tej sytuacji Rosja rozpoczęła w lecie 1654 roku wojnę.
Polacy zdołali jednak uzyskać pomoc Tatarów, którzy tym razem przeciwstawili się zbytniemu wzmocnieniu Rosji. W 1655 roku, pod Ochmatowem, wojska polsko -tatarskie odniosły zwycięstwo nad Kozakami. Wojnę jednak przerwano z powodu potopu szwedzkiego. Po śmierci Chmielnickiego nowym hetmanem kozackim został Jan Wyhowski, który próbował przekreślić ugodę perejasławską z Rosją. W 1658 roku podpisał on w Hadziaczu ugodę z Polską. Kozacy nie mieli zaufania do Rzeczypospolitej, obawiali się, że uzyskane ustępstwa nie zostaną dotrzymane.
Pod wodzą syna Chmielnickiego, Juraszka, rozgorzała wojna polsko-rosyjska, ponieważ Kozacy znowu zwrócili się w stronę Rosji. Wyprawy rosyjskie w 1660 roku skończyły się niepowodzeniami, jednak z powodu wewnętrznych konfliktów Polacy nie wykorzystali w pełni zwycięstwa. Przeciągająca się wojna wykazała, że żadna ze stron nie była zdolna do utrzymania w swym ręku całości ziem ukraińskich.
Podpisano rozejm w Andruszowie w 1667 roku, w którym Rosja i Rzeczpospolita godziły się na podział Ukrainy. Ukraina Prawobrzeżna należało do Polski, a Lewobrzeżna do Rosji. Wytyczona została nowa granica między obydwoma państwami