Bardzo niewiele wiadomo o dzieciństwie i młodości Czarnieckiego. Nawet data roczna jego urodzenia nie jest pewna, ponieważ nie zachowały się żadne dokumenty ją poświadczające. Najczęściej przyjmuje się rok 1599. Możliwe, ale mniej prawdopodobne, są lata późniejsze, aż do roku 1604. Pochodził ze średniozamożnej rodziny szlacheckiej, która dodatkowo miała stosunkowo niewiele dóbr dziedzicznych. Większość dzierżonych przez nią ziem stanowiły królewszczyzny. Ponieważ ojciec jego, Krzysztof Czarniecki, miał łącznie dziesięciu synów, nie był w stanie wszystkim zapewnić majątku i kariery. Dlatego czterech jego synów trafiło do zawodowej służby wojskowej. Wśród nich znajdował się Stefan. Nie dysponował on najprawdopodobniej poważniejszym wykształceniem. Przez pierwszych kilkanaście lat służby wojskowej nie sprawował też żadnych funkcji, stąd wszelkie ustalenia dokonywane przez historyków, odnoszące sie do tego okresu jego życia, mają charakter przypuszczeń W wojsku polskim Czarniecki służył najprawdopodobniej od 1621. Zapewne brał udział w wojnie z Turcją w tymże roku, potem w odpieraniu najazdów tatarskich w kolejnych latach. Później walczył pod komendą Stanisława Koniecpolskiego w czasie kampanii szwedzkiej (1626-1629). Był wówczas towarzyszem w chorągwi kozackiej dowodzonej przez swego brata, Pawła (Pasek podaje, że był tam chorążym). Paweł Czarniecki był doświadczonym, utalentowanym oficerem, któremu Koniecpolski często powierzał samodzielne zadania. Właśnie pod okiem brata Stefan Czarniecki zdobył znaczącą część swych wojskowych kwalifikacji. Lata 1630-1632 spędził prawdopodobnie w służbie cesarskiej (możliwe, że w szeregach chorągwi lisowskiej). Następnie uczestniczył w kampanii moskiewskiej lat 1632-1634, w której po raz pierwszy wystąpił w stopniu oficerskim, jako porucznik chorągwi kozackiej hetmana Marcina Kazanowskiego. W kilka lat później otrzymał pierwszy własny list przypowiedni i został rotmistrzem chorągwi kozackiej. Jednocześnie pełnił fukcję porucznika hetmańskiej chorągwi husarskiej oraz sędziego wojskowego, a następnie oboźnego koronnego. Te dwie ostatnie funkcje stanowiły pierwszy istotny awans, wprowadzając Czarnieckiego w sprawy dotyczące całości wojska i stanowiąc odskocznię do dalszej kariery. Brał później udział w licznych walkach z Kozakami i Tatarami głównie pod komendą Mikołaja Potockiego. Krytykowany po bitwie pod Kumejkami, w której dowodził hetmańską chorągwią husarską (jako jej porucznik), za zbytnią brawurę i doprowadzenie do poważnych strat jednostki. Sławę i uznanie zdobył w walkach z Bohdanem Chmielnickim (1648-1655). Podczas bitwy pod Żółtymi Wodami dostał się do niewoli tatarskiej (prawdopodobnie w czasie rozstrzygającego starcia występował jako parlamentariusz strony polskiej i przebywał w obozie kozacko — tatarskim, gdzie go zatrzymano). Według niektórych informacji został wywieziony na Krym. Według innych danych niedługo po bitwie zbiegł z niewoli tatarskiej do twierdzy Kudak, po kapitulacji której stał się jeńcem kozackim. W 1649 r. został wykupiony z niewoli. Rok ten był początkiem jego szybkiej kariery wojskowej, którą w pewnej mierze zawdzięczał poparciu hetmana wielkiego koronnego Mikołaja Potockiego (Czarniecki był najprawdopodobniej świadkiem ostatnich chwil syna hetmana – Stefana, zmarłego z ran w kilka dni po bitwie). Walczył później wielokrotnie z Kozakami i wojskami tatarskimi, odnosząc liczne rany i zdobywając dużą popularność wśród szlachty, zwłaszcza uchodźców z Ukrainy, co miało wpływ na uzyskanie przez niego w roku 1652 krzesła senatorskiego (kasztelan kijowski). Dał się poznać jako nieprzejednany wróg Kozaków. Odpowiedzialny za liczne i okrutne pacyfikacje ziem ukraińskich. Pochodzący ze średniej szlachty Czarniecki związał się blisko z dworem Jana Kazimierza, pozostając jego najbardziej zaufanym dowódcą. Był wybitnym dowódcą kawalerii, wypracowując i doprowadzając do doskonałości technikę wojny podjazdowej ("wojna szarpana"), głównie prowadzonej dzięki oddziałom partyzanckim. Był utalentowanym dowódcą taktycznym, jednak jego zdolności operacyjne były niekiedy negowane. Nie dysponując wykształceniem wojskowym, posiadł spore umiejętności praktyczne w dziedzinie taktyki jazdy, natomiast niekiedy trudności sprawiało mu korzystanie z piechoty i artylerii w walkach w polu. Szczególnie kłopotliwe było dla niego organizowanie współdziałania tych broni w czasie bitwy. Jeżeli jednak — jak w bitwie nad Połonką — umiał znaleźć racjonalne zastosowanie dla jednostek piechoty (przeważnie jako siły absorbującej wysiłek nieprzyjaciela), potrafił sprawnie rozstrzygnąć starcie zaskakującymi i efektownymi manewrami jazdy. Dowodzenie Czarnieckiego jednostkami jazdy nawiązywało do najlepszych tradycji staropolskiej sztuki wojennej. Opierało się na umiejętnym stosowaniu ekonomii sił, utworzeniu przewagi w wybranym miejscu, zaskoczeniu przeciwnika gwałtownym manewrem i przełamaniu jego sił w wybranym miejscu, często połączonym z gwałtownym manewrem oskrzydlającym. Po przełamaniu umiejętnie wykorzystywał powodzenie, dążąc do całkowitego rozbicia sił przeciwnika i wyniszczenia ich długotrwałym pościgiem. Generalnie jako wódz charakteryzował się zdecydowaniem i umiejętnością szybkiego podejmowania decyzji, lecz także skłonnością do ryzykanctwa i brawurą. Umiał w razie potrzeby utrzymywać żelazną dyscyplinę w podległych jednostkach, nie wahając się przed stosowaniem okrutnych kar. Dowodząc większymi zgrupowaniami poniósł kilka bolesnych porażek, jednak część z nich wynikła nie z braku umiejętności Czarnieckiego, lecz z okoliczności, że w długich okresach czasu wypadało mu dowodzić jednostkami niedoświadczonymi, ze sporym udziałem pospolitego ruszenia. W walkach z Rosją i Kozakami na Ukrainie w 1654 dowodził częścią armii koronnej. Nie potrafił zniszczyć Iwana Bohuna w Winnicy, w wyniku czego ten ostatni zdołał udzielić pomocy armii rosyjsko-kozackiej osaczonej pod Ochmatowem. Niepowodzenie to w pewnej mierze wynikało z charakteryzującej Czarnieckiego jako dowódcę skłonności do ryzykanctwa. Nie bez znaczenia jest też to, że w trakcie walki odniósł poważną ranę i utracił możliwość dowodzenia. W czasie potopu szwedzkiego (1655-1660) pozostał wierny królowi i w znacznym stopniu to dzięki niemu Jan Kazimierz mógł, po pokonaniu Szwedów, powrócić do Polski na tron. W roku 1655 bronił przez 3 tygodnie Krakowa, jednak pozbawiony posiłków musiał skapitulować. Rozważał przejście na stronę Karola Gustawa, ale za namową królowej Ludwiki Marii Gonzagi, pozostał wierny Janowi Kazimierzowi. Po powrocie króla ze Śląska objął dowództwo niezależnej dywizji. Wraz z J. S. Lubomirskim dowodził w kampanii 1656. Początkowa klęska w bitwie pod Gołębiem 18 lutego 1656 r., spowodowała zmianę taktyki obranej przez Czarnieckiego. W walkach ze Szwedami brały także udział oddziały chłopskie, które Czarniecki wezwał do walki. W efekcie polscy wodzowie osaczyli Karola Gustawa z jego wojskiem w widłach Wisły i Sanu. Czarniecki jednak, zamiast zaatakowania tych wojsk, przeforsował plan marszu naprzeciwko szwedzkim posiłkom. Pomimo, iż pokonał je w bitwie pod Warką 1656, główna armia szwedzka wymknęła się z pułapki. Z tego względu decyzja o marszu naprzeciw posiłkom szwedzkim była krytykowana. Sam Czarniecki uważał ją jednak za zasadną, wychodząc z założenia, że siły polskie (składające się głównie z jazdy) nie były w stanie skutecznie podjąć walki oblężniczej z otoczonymi wojskami Karola Gustawa (posiadającymi artylerię, piechotę i wojska inżynieryjne), a jedynie je blokować. Nadejście posiłków szwedzkich skutkowałoby koniecznością zwinięcia blokady, albo stoczenia walnej bitwy z połączonymi oddziałami nieprzyjaciela. Po bitwie pod Warką Czarniecki wraz z Lubomirskim prowadził kampanię w Wielkopolsce, zakończoną bolesną porażką pod Kłeckiem. W kampanii 1657 początkowo operował głównie na Pomorzu, znakomitymi rajdami jazdy wprowadzając króla do Gdańska i wyprowadzając go z niego. Podczas wspólnej ofensywy Szwedów i ks. Siedmiogrodu Jerzego Rakoczego kontynuował wojnę podjazdową, unikając walnej bitwy. Po rozdzieleniu się armii sojuszniczej wraz z Lubomirskim doprowadził do osaczenia i kapitulacji pod Czarnym Ostrowem armii Rakoczego. W końcu wojska szwedzkie ustępowały z terytorium Polski, ale Czarniecki walczył z nimi dalej na Pomorzu. W latach 1658-1659 był dowódcą oddziałów polskich w wyprawie armii sojuszniczej (brandebursko-polsko-habsburskiej) do Danii przeciw wojskom szwedzkim Karola X Gustawa. Jego największymi osiągnięciami było zdobycie szturmem twierdzy Koldyngii i przeprawa jazdy wpław na wyspę Als. Po pokoju oliwskim i zawarciu pokoju ze Szwedami dywizja Czarnieckiego została skierowana na Litwę. W roku 1660 wraz z armią hetmana wielkiego litewskiego Pawła Sapiehy pobił armię rosyjską Iwana Chowańskiego pod Połonką. Następnie obaj wodzowie wyzwolili znaczną część Białorusi i po połączeniu z dywizją lewego skrzydła Paca stoczyli nierozstrzygniętą bitwę nad Basią z armią ks. Dołgorukiego. Sapieha z Czarnieckim nieustannie się spierali, ale w decydujących momentach współdziałali. Efektem tej współpracy było ponowne pobicie Chowańskiego pod Tołoczynem przez Czarnieckiego. Potem Czarniecki operował na Ukrainie przeciwko Kozakom. Sejm z roku 1661 r. podziękował Czarnieckiemu za jego wojenne zasługi. W 1663 poprowadził ostatnią polską ofensywę na lewobrzeżną Ukrainę, ale poza krwawymi zniszczeniami niczego nie osiągnął. Jako jedyny z wybitnych dowódców pozostał wierny Janowi Kazimierzowi podczas kryzysu politycznego lat 60. XVII w. Krótko przed śmiercią przyjął buławę polną koronną, odebraną Lubomirskiemu. Zmarł w 1665 r. Jest pochowany w rodzinnej wsi Czarnca w pięknym kościele ufundowanym przez niego samego. Naprzeciwko kościoła w Czarńcy park dworski, z kamieniem, upamiętniającym Czarnieckiego. Stefan Czarniecki jest polskim bohaterem narodowym i wzorem patriotyzmu. Tekst polskiego hymnu narodowego wspomina jego nazwisko. Jak Czarniecki do Poznania, po szwedzkim zaborze, dla ojczyzny ratowania, rzucim się przez morze. Nie należy jednak zapominać, że Czarniecki był najbardziej bezwzględnym polskim wodzem XVII stulecia. Jego wojska regularnie mordowały jeńców i ludność cywilną (w skali przewyższającej obyczaje epoki) oraz niesamowicie łupiły współobywateli. Sam Czarniecki zgromadził wielki majątek z łupów i okupów za jeńców.
Bardzo niewiele wiadomo o dzieciństwie i młodości Czarnieckiego. Nawet data roczna jego urodzenia nie jest pewna, ponieważ nie zachowały się żadne dokumenty ją poświadczające. Najczęściej przyjmuje się rok 1599. Możliwe, ale mniej prawdopodobne, są lata późniejsze, aż do roku 1604. Pochodził ze średniozamożnej rodziny szlacheckiej, która dodatkowo miała stosunkowo niewiele dóbr dziedzicznych. Większość dzierżonych przez nią ziem stanowiły królewszczyzny. Ponieważ ojciec jego, Krzysztof Czarniecki, miał łącznie dziesięciu synów, nie był w stanie wszystkim zapewnić majątku i kariery. Dlatego czterech jego synów trafiło do zawodowej służby wojskowej. Wśród nich znajdował się Stefan.
Nie dysponował on najprawdopodobniej poważniejszym wykształceniem. Przez pierwszych kilkanaście lat służby wojskowej nie sprawował też żadnych funkcji, stąd wszelkie ustalenia dokonywane przez historyków, odnoszące sie do tego okresu jego życia, mają charakter przypuszczeń
W wojsku polskim Czarniecki służył najprawdopodobniej od 1621. Zapewne brał udział w wojnie z Turcją w tymże roku, potem w odpieraniu najazdów tatarskich w kolejnych latach. Później walczył pod komendą Stanisława Koniecpolskiego w czasie kampanii szwedzkiej (1626-1629).
Był wówczas towarzyszem w chorągwi kozackiej dowodzonej przez swego brata, Pawła (Pasek podaje, że był tam chorążym). Paweł Czarniecki był doświadczonym, utalentowanym oficerem, któremu Koniecpolski często powierzał samodzielne zadania. Właśnie pod okiem brata Stefan Czarniecki zdobył znaczącą część swych wojskowych kwalifikacji. Lata 1630-1632 spędził prawdopodobnie w służbie cesarskiej (możliwe, że w szeregach chorągwi lisowskiej). Następnie uczestniczył w kampanii moskiewskiej lat 1632-1634, w której po raz pierwszy wystąpił w stopniu oficerskim, jako porucznik chorągwi kozackiej hetmana Marcina Kazanowskiego.
W kilka lat później otrzymał pierwszy własny list przypowiedni i został rotmistrzem chorągwi kozackiej. Jednocześnie pełnił fukcję porucznika hetmańskiej chorągwi husarskiej oraz sędziego wojskowego, a następnie oboźnego koronnego. Te dwie ostatnie funkcje stanowiły pierwszy istotny awans, wprowadzając Czarnieckiego w sprawy dotyczące całości wojska i stanowiąc odskocznię do dalszej kariery.
Brał później udział w licznych walkach z Kozakami i Tatarami głównie pod komendą Mikołaja Potockiego. Krytykowany po bitwie pod Kumejkami, w której dowodził hetmańską chorągwią husarską (jako jej porucznik), za zbytnią brawurę i doprowadzenie do poważnych strat jednostki.
Sławę i uznanie zdobył w walkach z Bohdanem Chmielnickim (1648-1655). Podczas bitwy pod Żółtymi Wodami dostał się do niewoli tatarskiej (prawdopodobnie w czasie rozstrzygającego starcia występował jako parlamentariusz strony polskiej i przebywał w obozie kozacko — tatarskim, gdzie go zatrzymano). Według niektórych informacji został wywieziony na Krym. Według innych danych niedługo po bitwie zbiegł z niewoli tatarskiej do twierdzy Kudak, po kapitulacji której stał się jeńcem kozackim.
W 1649 r. został wykupiony z niewoli. Rok ten był początkiem jego szybkiej kariery wojskowej, którą w pewnej mierze zawdzięczał poparciu hetmana wielkiego koronnego Mikołaja Potockiego (Czarniecki był najprawdopodobniej świadkiem ostatnich chwil syna hetmana – Stefana, zmarłego z ran w kilka dni po bitwie). Walczył później wielokrotnie z Kozakami i wojskami tatarskimi, odnosząc liczne rany i zdobywając dużą popularność wśród szlachty, zwłaszcza uchodźców z Ukrainy, co miało wpływ na uzyskanie przez niego w roku 1652 krzesła senatorskiego (kasztelan kijowski). Dał się poznać jako nieprzejednany wróg Kozaków. Odpowiedzialny za liczne i okrutne pacyfikacje ziem ukraińskich.
Pochodzący ze średniej szlachty Czarniecki związał się blisko z dworem Jana Kazimierza, pozostając jego najbardziej zaufanym dowódcą. Był wybitnym dowódcą kawalerii, wypracowując i doprowadzając do doskonałości technikę wojny podjazdowej ("wojna szarpana"), głównie prowadzonej dzięki oddziałom partyzanckim. Był utalentowanym dowódcą taktycznym, jednak jego zdolności operacyjne były niekiedy negowane. Nie dysponując wykształceniem wojskowym, posiadł spore umiejętności praktyczne w dziedzinie taktyki jazdy, natomiast niekiedy trudności sprawiało mu korzystanie z piechoty i artylerii w walkach w polu. Szczególnie kłopotliwe było dla niego organizowanie współdziałania tych broni w czasie bitwy. Jeżeli jednak — jak w bitwie nad Połonką — umiał znaleźć racjonalne zastosowanie dla jednostek piechoty (przeważnie jako siły absorbującej wysiłek nieprzyjaciela), potrafił sprawnie rozstrzygnąć starcie zaskakującymi i efektownymi manewrami jazdy. Dowodzenie Czarnieckiego jednostkami jazdy nawiązywało do najlepszych tradycji staropolskiej sztuki wojennej. Opierało się na umiejętnym stosowaniu ekonomii sił, utworzeniu przewagi w wybranym miejscu, zaskoczeniu przeciwnika gwałtownym manewrem i przełamaniu jego sił w wybranym miejscu, często połączonym z gwałtownym manewrem oskrzydlającym. Po przełamaniu umiejętnie wykorzystywał powodzenie, dążąc do całkowitego rozbicia sił przeciwnika i wyniszczenia ich długotrwałym pościgiem. Generalnie jako wódz charakteryzował się zdecydowaniem i umiejętnością szybkiego podejmowania decyzji, lecz także skłonnością do ryzykanctwa i brawurą. Umiał w razie potrzeby utrzymywać żelazną dyscyplinę w podległych jednostkach, nie wahając się przed stosowaniem okrutnych kar.
Dowodząc większymi zgrupowaniami poniósł kilka bolesnych porażek, jednak część z nich wynikła nie z braku umiejętności Czarnieckiego, lecz z okoliczności, że w długich okresach czasu wypadało mu dowodzić jednostkami niedoświadczonymi, ze sporym udziałem pospolitego ruszenia.
W walkach z Rosją i Kozakami na Ukrainie w 1654 dowodził częścią armii koronnej. Nie potrafił zniszczyć Iwana Bohuna w Winnicy, w wyniku czego ten ostatni zdołał udzielić pomocy armii rosyjsko-kozackiej osaczonej pod Ochmatowem. Niepowodzenie to w pewnej mierze wynikało z charakteryzującej Czarnieckiego jako dowódcę skłonności do ryzykanctwa. Nie bez znaczenia jest też to, że w trakcie walki odniósł poważną ranę i utracił możliwość dowodzenia.
W czasie potopu szwedzkiego (1655-1660) pozostał wierny królowi i w znacznym stopniu to dzięki niemu Jan Kazimierz mógł, po pokonaniu Szwedów, powrócić do Polski na tron. W roku 1655 bronił przez 3 tygodnie Krakowa, jednak pozbawiony posiłków musiał skapitulować. Rozważał przejście na stronę Karola Gustawa, ale za namową królowej Ludwiki Marii Gonzagi, pozostał wierny Janowi Kazimierzowi. Po powrocie króla ze Śląska objął dowództwo niezależnej dywizji. Wraz z J. S. Lubomirskim dowodził w kampanii 1656. Początkowa klęska w bitwie pod Gołębiem 18 lutego 1656 r., spowodowała zmianę taktyki obranej przez Czarnieckiego. W walkach ze Szwedami brały także udział oddziały chłopskie, które Czarniecki wezwał do walki. W efekcie polscy wodzowie osaczyli Karola Gustawa z jego wojskiem w widłach Wisły i Sanu. Czarniecki jednak, zamiast zaatakowania tych wojsk, przeforsował plan marszu naprzeciwko szwedzkim posiłkom. Pomimo, iż pokonał je w bitwie pod Warką 1656, główna armia szwedzka wymknęła się z pułapki. Z tego względu decyzja o marszu naprzeciw posiłkom szwedzkim była krytykowana. Sam Czarniecki uważał ją jednak za zasadną, wychodząc z założenia, że siły polskie (składające się głównie z jazdy) nie były w stanie skutecznie podjąć walki oblężniczej z otoczonymi wojskami Karola Gustawa (posiadającymi artylerię, piechotę i wojska inżynieryjne), a jedynie je blokować. Nadejście posiłków szwedzkich skutkowałoby koniecznością zwinięcia blokady, albo stoczenia walnej bitwy z połączonymi oddziałami nieprzyjaciela.
Po bitwie pod Warką Czarniecki wraz z Lubomirskim prowadził kampanię w Wielkopolsce, zakończoną bolesną porażką pod Kłeckiem. W kampanii 1657 początkowo operował głównie na Pomorzu, znakomitymi rajdami jazdy wprowadzając króla do Gdańska i wyprowadzając go z niego. Podczas wspólnej ofensywy Szwedów i ks. Siedmiogrodu Jerzego Rakoczego kontynuował wojnę podjazdową, unikając walnej bitwy. Po rozdzieleniu się armii sojuszniczej wraz z Lubomirskim doprowadził do osaczenia i kapitulacji pod Czarnym Ostrowem armii Rakoczego. W końcu wojska szwedzkie ustępowały z terytorium Polski, ale Czarniecki walczył z nimi dalej na Pomorzu. W latach 1658-1659 był dowódcą oddziałów polskich w wyprawie armii sojuszniczej (brandebursko-polsko-habsburskiej) do Danii przeciw wojskom szwedzkim Karola X Gustawa. Jego największymi osiągnięciami było zdobycie szturmem twierdzy Koldyngii i przeprawa jazdy wpław na wyspę Als.
Po pokoju oliwskim i zawarciu pokoju ze Szwedami dywizja Czarnieckiego została skierowana na Litwę. W roku 1660 wraz z armią hetmana wielkiego litewskiego Pawła Sapiehy pobił armię rosyjską Iwana Chowańskiego pod Połonką. Następnie obaj wodzowie wyzwolili znaczną część Białorusi i po połączeniu z dywizją lewego skrzydła Paca stoczyli nierozstrzygniętą bitwę nad Basią z armią ks. Dołgorukiego. Sapieha z Czarnieckim nieustannie się spierali, ale w decydujących momentach współdziałali. Efektem tej współpracy było ponowne pobicie Chowańskiego pod Tołoczynem przez Czarnieckiego. Potem Czarniecki operował na Ukrainie przeciwko Kozakom. Sejm z roku 1661 r. podziękował Czarnieckiemu za jego wojenne zasługi. W 1663 poprowadził ostatnią polską ofensywę na lewobrzeżną Ukrainę, ale poza krwawymi zniszczeniami niczego nie osiągnął. Jako jedyny z wybitnych dowódców pozostał wierny Janowi Kazimierzowi podczas kryzysu politycznego lat 60. XVII w. Krótko przed śmiercią przyjął buławę polną koronną, odebraną Lubomirskiemu.
Zmarł w 1665 r. Jest pochowany w rodzinnej wsi Czarnca w pięknym kościele ufundowanym przez niego samego. Naprzeciwko kościoła w Czarńcy park dworski, z kamieniem, upamiętniającym Czarnieckiego.
Stefan Czarniecki jest polskim bohaterem narodowym i wzorem patriotyzmu. Tekst polskiego hymnu narodowego wspomina jego nazwisko.
Jak Czarniecki do Poznania,
po szwedzkim zaborze,
dla ojczyzny ratowania,
rzucim się przez morze.
Nie należy jednak zapominać, że Czarniecki był najbardziej bezwzględnym polskim wodzem XVII stulecia. Jego wojska regularnie mordowały jeńców i ludność cywilną (w skali przewyższającej obyczaje epoki) oraz niesamowicie łupiły współobywateli. Sam Czarniecki zgromadził wielki majątek z łupów i okupów za jeńców.