Mitochondria mają swoją własną, niezależną DNA. Podobnie jak bakterie, mitochondria posiadają swoją własną, okrężną cząsteczkę DNA, która koduje niektóre z ich własnych białek. To sugeruje, że mitochondria były pierwotnie niezależnym organizmem, który został pochłonięty przez komórkę eukariotyczną.
Mitochondria posiadają własną błonę zewnętrzną i wewnętrzną. Wewnętrzna błona mitochondrium zawiera wiele białek, które są niezbędne do przeprowadzania oddychania komórkowego i produkcji energii. Struktura ta przypomina błonę bakteryjną i różni się od błony komórkowej komórki eukariotycznej. To także sugeruje, że mitochondria pochodzą od bakterii, które zostały wchłonięte przez komórkę eukariotyczną.