Perlindungan ekosistem taman laut bunaken terdapat di laut
Mebel
Potensi Biologi Habitat Dataran Potensi biologi daratan di pulau-pulau TN. Bunaken kaya dengan jenis-jenis flora palma, sagu, woka, silar dan kelapa. Pohon mangga, pisang dan buah-buahan lain tersebar dimana-mana yang menjadi makanan bagi aneka serangga burung dan kelelawar. Jenis-jenis faunanya antara lainYaki (kera hitam Sulawesi) dan Kuskus yang merupakan penghuni hutan di Pulau Manado Tua. Rusa terdapat di rawa-rawa pulau Mantehage pada siang hari dan keluar merumput di senja hari. Habitat Lamun dan Rumput Laut Padang lamun dan rumput laut merupakan jenis-jenis tumbuhan laut. Rumput laut tidak seperti ganggang. Memiliki akar dan menghasilkan biji, sehingga dapat membentuk hamparan luas yang merupakan tempat ikan bertelur dan berkembang. Padang lamun dan rumput laut banyak terdapat di TN. Bunaken terutama dekat Arakan Wawontulap. Habitat lamun dan rumput laut merupakan habitat bagi jenis duyung dan penyu laut. Habitat Hutan Bakau Lebih kurang 1800 ha luasan hutan bakau di TN. Bunaken. Hutan bakau ini berperan sebagai penyaring endapan lumpur dari daratan dan mencegah erosi garis pantai. Hutan ini kaya dengan berbagai jenis. Kepiting, udang, moluska, dan ikan-ikan muda dari berbagai jenis. Juga sebagai tempat bertelurnya kebanyakan jenis ikan. Beraneka jenis burung laut dan pantai seperti camar, bangau, dara laut, cengak terdapat disini. Habitat Pantai Pasir Pantai pasir P. Bunaken, Manado Tua dan terutama Siladen kaya dengan kehidupan berbagai jenis umang, kepiting dan udang. Habitat Terumbu Karang Terumbu tepian mendominasi perairan pesisir, selain terumbu penghalang. Yang paling menarik adalah tebing karang vertikal, menghujam di bawah permukaan air hingga 25-50 meter. Terdapat 58 jenis keluarga binatang karang sudah teridentifikasi. Karang berkulit keras yang berjasa membangun terumbu karang. Belalainya yang, walau hanya 1 mm, mengeluarkan zat kapur yangmembentuk terumbu karang. Tebing bawah air memiliki banyak ceruk, celah dan rekahan, tempat persembunyian berbagai jenis vertebrata dan invertebrata laut. Selain karang keras, terdapat biota laut, bintang laut, teriping, dll. Terdapat pula jenis kima (Tridacna sp.), bahkan kima raksasa (Tridakna gigas) yang ukurannya bisa mencapai satu meter. Dataran terumbu karang ini lebarnya bisa mencapai 2,5 km. Jenis-jenis ikan yang umum dijumpai antara lain wrase, dansel, trigger, sweetlip, unicorn dll. Jumlah jenis-jenis ikan lebih dari 2000 jenis. Habitat Laut Dalam Salah satu keunikan TN. Bunaken adalah kedalaman laut yang memisahkannya dengan daratan Sulawesi, yang bisa mencapai 1000 meter. Kedalaman ini menjadi semacam tekanan berbagai aktifitas manusia di daratan Sulawesi yang dapat berpengaruh buruk terhadap TN. Bunaken. Mungkin inilah yang menyebabkan TN. Bunaken sampai saat ini intensitas kerusakan masih lebih rendah dibandingkan banyak taman laut lainnya. Jenis-jenis Ikan-ikan besar seperti ikan tuna, marlin, hiu kepala palu, pari, layar, cekalang, barakuda, lumba-lumba dan bahkan paus kerap melewati perairan ini.