transcurre 20 años después 3 de la invasión extraterrestre ocurrida en julio de 1996, sabiendo que existe vida en el universo y es muy posible que otra amenaza llegará a la Tierra en el futuro. La humanidad consiguió rescatar una pequeña cantidad de tecnología extraterrestre, gracias a la cual desarrolló nuevas armas sumamente avanzadas con la ingeniería inversa, como nuevos aviones de combate y naves que pueden viajar por el espacio, para estar precavidos de cara a esta amenaza y defender al planeta Tierra.
Una nave esférica, con tecnología muy distinta a la de los alienígenas de 1996 aparece por un agujero de gusano cerca de la base lunar de la ESD. Levison cree que es una nave de otra raza alienígena benévola y cree que no deberían atacar, pero los gobiernos votan y deciden atacar. En contra de las ordenes, el piloto de la ESD Jake Morrison, recoge a Levison, Marceaux y Umbutu en un remolcador espacial y los lleva hasta los restos de la nave derribada, de la que recuperan un contenedor. De repente una nave nodriza extraterrestre de casi 5000 kilómetros de ancho surge del agujero y destruye las defensas planetarias de la tierra, antes de acercarse al planeta. El remolcador espacial se ve atrapado por la fuerza gravitatoria propia de la nave nodriza que eleva las ciudades de Asia y las usa como proyectiles para golpear Europa, matando a muchos. Mientras tanto, la nave nodriza se posa sobre el océano Atlántico y comienza a perforar para extraer el calor del núcleo terrestre, lo que destruirá el campo magnético en el proceso.
Al llegar el remolcador espacial al Area 51, el doctor Okun despierta tras estar veinte años en coma, después de que un extraterrestre casi lo matase en 1996
Sabiendo que la reina se ha percatado de su presencia, la Inteligencia Artificial de la esfera quiere que la EDS sea destruida para evitar que los alienígenas descubran sus secretos. Las fuerzas de la EDS esconden la esfera en un lugar seguro y utilizan un remolcador espacial con una copia de la señal de la esfera como cebo para atraer a la nave de la reina a una trampa con ojivas termonucleares. En contra de los deseos de su hija Patricia, el ex presidente Whitmore se sacrifica destruyendo la nave con un remolcador espacial con la ojiva. Sin embargo la reina sobrevive usando un escudo de energía en su traje biomecánico. Patricia vuela personalmente con un luchador híbrido que destruye el escudo de la reina, lo que permite a Dylan matarla antes de que se hiciese con la esfera al encontrarla, al triunfar, Patricia se reúne con su novio Jake y su amigo Dylan, junto a Miller y Lao. Con la muerte de la reina, la nave nodriza detiene la perforación y se aleja de la Tierra. Okun revela que la esfera les ha pedido liderar la resistencia hasta en otros mundos (que fueron invadidos por ellos) y que les ha ofrecido una nueva tecnología aún mas avanzada para preparar el asalto al planeta de los alienígenas.
transcurre 20 años después 3 de la invasión extraterrestre ocurrida en julio de 1996, sabiendo que existe vida en el universo y es muy posible que otra amenaza llegará a la Tierra en el futuro. La humanidad consiguió rescatar una pequeña cantidad de tecnología extraterrestre, gracias a la cual desarrolló nuevas armas sumamente avanzadas con la ingeniería inversa, como nuevos aviones de combate y naves que pueden viajar por el espacio, para estar precavidos de cara a esta amenaza y defender al planeta Tierra.
Una nave esférica, con tecnología muy distinta a la de los alienígenas de 1996 aparece por un agujero de gusano cerca de la base lunar de la ESD. Levison cree que es una nave de otra raza alienígena benévola y cree que no deberían atacar, pero los gobiernos votan y deciden atacar. En contra de las ordenes, el piloto de la ESD Jake Morrison, recoge a Levison, Marceaux y Umbutu en un remolcador espacial y los lleva hasta los restos de la nave derribada, de la que recuperan un contenedor. De repente una nave nodriza extraterrestre de casi 5000 kilómetros de ancho surge del agujero y destruye las defensas planetarias de la tierra, antes de acercarse al planeta. El remolcador espacial se ve atrapado por la fuerza gravitatoria propia de la nave nodriza que eleva las ciudades de Asia y las usa como proyectiles para golpear Europa, matando a muchos. Mientras tanto, la nave nodriza se posa sobre el océano Atlántico y comienza a perforar para extraer el calor del núcleo terrestre, lo que destruirá el campo magnético en el proceso.
Al llegar el remolcador espacial al Area 51, el doctor Okun despierta tras estar veinte años en coma, después de que un extraterrestre casi lo matase en 1996
Sabiendo que la reina se ha percatado de su presencia, la Inteligencia Artificial de la esfera quiere que la EDS sea destruida para evitar que los alienígenas descubran sus secretos. Las fuerzas de la EDS esconden la esfera en un lugar seguro y utilizan un remolcador espacial con una copia de la señal de la esfera como cebo para atraer a la nave de la reina a una trampa con ojivas termonucleares. En contra de los deseos de su hija Patricia, el ex presidente Whitmore se sacrifica destruyendo la nave con un remolcador espacial con la ojiva. Sin embargo la reina sobrevive usando un escudo de energía en su traje biomecánico. Patricia vuela personalmente con un luchador híbrido que destruye el escudo de la reina, lo que permite a Dylan matarla antes de que se hiciese con la esfera al encontrarla, al triunfar, Patricia se reúne con su novio Jake y su amigo Dylan, junto a Miller y Lao. Con la muerte de la reina, la nave nodriza detiene la perforación y se aleja de la Tierra. Okun revela que la esfera les ha pedido liderar la resistencia hasta en otros mundos (que fueron invadidos por ellos) y que les ha ofrecido una nueva tecnología aún mas avanzada para preparar el asalto al planeta de los alienígenas.