Jego historia sięga 1921 roku, kiedy to z inicjatywy prof. Władysława Szafera na terenie będącym własnością Stanisława K. Drohojowskiego powstał rezerwat dla ochrony łąk wokół ruin Zamku w Czorsztynie (7,5 ha). Pod koniec lat 20. XX w. rozpoczęto wykupy gruntów prywatnych położonych głównie w Pieninach Środkowych w Masywie Trzech Koron, z przeznaczeniem pod utworzenie pierwszego w Polsce parku narodowego. Wstępny projekt opracował prof. Stanisław Kulczyński. 23 maja 1932 r. minister rolnictwa podpisał rozporządzenie o utworzeniu z dniem 1 czerwca 1932 r. z rezerwatu w Pieninach jednostki organizacyjnej pod nazwą "Park Narodowy w Pieninach". Miał on mieć łącznie z rezerwatem na Zamku Czorsztyńskim powierzchnię 16,5 km². Rozporządzenie ukazało się w "Monitorze Polskim" Nr 123 (poz.156). W 1924 r. zawarto porozumienie z rządem Czechosłowacji w sprawie wspólnego utworzenia przygranicznych obszarów chronionych i uregulowania turystyki. Negocjacje prowadził prof. Walery Goetel, warto dodać, że było to pierwsze porozumienie z rządem Czechosłowacji. W 1926 r., gdy wszystkie procedury były już dopięte na ostatni guzik, wydawało się, że idea utworzenia parku zakończy się fiaskiem, znajdujący się bowiem w trudnej sytuacji finansowej Skarb Państwa odmówił wykupu od prywatnych właścicieli terenów po bardzo wygórowanych cenach, a ci nie mogąc się doczekać sfinalizowania transakcji rozpoczęli rabunkowy wyrąb lasów. W wyniku licznych głosów oburzenia rozpoczęto w końcu wykup gruntów i w sierpniu 1932 r. na obszarze 423 ha proklamowano utworzenie w polskich Pieninach Parku Narodowego, w tym samym też roku powstał czechosłowacki Pieniński Park Narodowy. Jeszcze przed II wojną światową powiększano dalej poprzez wykupy obszar parku, powstały też małe prywatne rezerwaty w Małych Pieninach.
Kolejną podstawą prawną istnienia parku było rozporządzenie Rady Ministrów z 30 października 1954 r. o utworzeniu z dniem 1 stycznia 1955 r. Pienińskiego Parku Narodowego. Obszar jego uległ powiększeniu do 2231 ha poprzez włączenie w skład parku terenów należących do chłopów i gromad wiejskich (ale z prawem do użytkowania przez nich). Zlikwidowano też nadmiar szlaków turystycznych. Aktualnie park funkcjonuje w oparciu o rozporządzenie Rady Ministrów z dnia 14 maja 1996 r., w 2003 r. ma powierzchnię 2346 ha i w dalszym ciągu powiększa się jego obszar poprzez wykupy
Jego historia sięga 1921 roku, kiedy to z inicjatywy prof. Władysława Szafera na terenie będącym własnością Stanisława K. Drohojowskiego powstał rezerwat dla ochrony łąk wokół ruin Zamku w Czorsztynie (7,5 ha). Pod koniec lat 20. XX w. rozpoczęto wykupy gruntów prywatnych położonych głównie w Pieninach Środkowych w Masywie Trzech Koron, z przeznaczeniem pod utworzenie pierwszego w Polsce parku narodowego. Wstępny projekt opracował prof. Stanisław Kulczyński. 23 maja 1932 r. minister rolnictwa podpisał rozporządzenie o utworzeniu z dniem 1 czerwca 1932 r. z rezerwatu w Pieninach jednostki organizacyjnej pod nazwą "Park Narodowy w Pieninach". Miał on mieć łącznie z rezerwatem na Zamku Czorsztyńskim powierzchnię 16,5 km². Rozporządzenie ukazało się w "Monitorze Polskim" Nr 123 (poz.156). W 1924 r. zawarto porozumienie z rządem Czechosłowacji w sprawie wspólnego utworzenia przygranicznych obszarów chronionych i uregulowania turystyki. Negocjacje prowadził prof. Walery Goetel, warto dodać, że było to pierwsze porozumienie z rządem Czechosłowacji. W 1926 r., gdy wszystkie procedury były już dopięte na ostatni guzik, wydawało się, że idea utworzenia parku zakończy się fiaskiem, znajdujący się bowiem w trudnej sytuacji finansowej Skarb Państwa odmówił wykupu od prywatnych właścicieli terenów po bardzo wygórowanych cenach, a ci nie mogąc się doczekać sfinalizowania transakcji rozpoczęli rabunkowy wyrąb lasów. W wyniku licznych głosów oburzenia rozpoczęto w końcu wykup gruntów i w sierpniu 1932 r. na obszarze 423 ha proklamowano utworzenie w polskich Pieninach Parku Narodowego, w tym samym też roku powstał czechosłowacki Pieniński Park Narodowy. Jeszcze przed II wojną światową powiększano dalej poprzez wykupy obszar parku, powstały też małe prywatne rezerwaty w Małych Pieninach.
Kolejną podstawą prawną istnienia parku było rozporządzenie Rady Ministrów z 30 października 1954 r. o utworzeniu z dniem 1 stycznia 1955 r. Pienińskiego Parku Narodowego. Obszar jego uległ powiększeniu do 2231 ha poprzez włączenie w skład parku terenów należących do chłopów i gromad wiejskich (ale z prawem do użytkowania przez nich). Zlikwidowano też nadmiar szlaków turystycznych. Aktualnie park funkcjonuje w oparciu o rozporządzenie Rady Ministrów z dnia 14 maja 1996 r., w 2003 r. ma powierzchnię 2346 ha i w dalszym ciągu powiększa się jego obszar poprzez wykupy