Ante las denuncias de los vecinos de Asunción contra Reyes Balmaceda, la Audiencia de Charcas envió a José de Antequera y Castro como Juez Pesquisidor, para investigar las acusaciones. Como resultado de la investigación, Antequera separó a Reyes Balmaceda de su cargo proclamando los derechos del "común" para aceptar o rechazar las autoridades y leyes impuestas; fue así como Antequera asumió el cargo de gobernador, haciendo cumplir de esta manera las instrucciones que en pliego cerrado le habían sido dadas por el Virrey del Perú, a pesar de la disposición expresa de las Leyes de Indias de que el Juez Pesquisidor no pudiese suceder en el gobierno al pesquisado.
Segunda etapa
Antequera permaneció un tiempo en Córdoba y luego se presentó ante la Audiencia de Charcas para pedir protección y defensa ya que él había defendido siempre la supremacía de este tribunal sobre la autoridad del Virrey, pero se encontró con que los miembros de la Audiencia eran diferentes de los que le habían comisionado como Juez Pesquisidor del Paraguay. Por esta razón, la Audiencia sin escucharle siquiera, lo apresó y lo envió a Lima, proceso que duró cinco años aproximadamente.
Ante las denuncias de los vecinos de Asunción contra Reyes Balmaceda, la Audiencia de Charcas envió a José de Antequera y Castro como Juez Pesquisidor, para investigar las acusaciones. Como resultado de la investigación, Antequera separó a Reyes Balmaceda de su cargo proclamando los derechos del "común" para aceptar o rechazar las autoridades y leyes impuestas; fue así como Antequera asumió el cargo de gobernador, haciendo cumplir de esta manera las instrucciones que en pliego cerrado le habían sido dadas por el Virrey del Perú, a pesar de la disposición expresa de las Leyes de Indias de que el Juez Pesquisidor no pudiese suceder en el gobierno al pesquisado.
Segunda etapa
Antequera permaneció un tiempo en Córdoba y luego se presentó ante la Audiencia de Charcas para pedir protección y defensa ya que él había defendido siempre la supremacía de este tribunal sobre la autoridad del Virrey, pero se encontró con que los miembros de la Audiencia eran diferentes de los que le habían comisionado como Juez Pesquisidor del Paraguay. Por esta razón, la Audiencia sin escucharle siquiera, lo apresó y lo envió a Lima, proceso que duró cinco años aproximadamente.