Durante la época colonial española, Comayagua fue capital la intendencia de Comayagua y luego de la provincia de Comayagua. Desde la independencia de Honduras, fue capital del Estado desde 1825 hasta 1880 cuando el presidente Marco Aurelio Soto trasladó la capital del país a la ciudad de Tegucigalpa
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Durante la época colonial española, Comayagua fue capital la intendencia de Comayagua y luego de la provincia de Comayagua. Desde la independencia de Honduras, fue capital del Estado desde 1825 hasta 1880 cuando el presidente Marco Aurelio Soto trasladó la capital del país a la ciudad de Tegucigalpa