Pomysł sprowadzenia na pogranicze mazowiecko-pruskie zakonu rycerskiego zrodził się na dworze Konrada Mazowieckiego. Zakon taki miał ochraniać ziemie piastowskie przed najazdami plemion pruskich i prowadzić akcję chrystianizacyjną. Rokowania z władzami Zakonu Szpitala Najświętszej Marii Panny Domu Niemieckiego w Jerozolimie zaczęły się w 1226 r., a dwa lata później kilku braci zakonnych przyjęło od Konrada Mazowieckiego Ziemię Chełmińską. W 1230 r. niewielki konwent krzyżacki osiadł koło Torunia, rozpoczynając systematyczny podbój ziem pruskich, wypierając pierwotnych mieszkańców w głąb lasów i mordując, a tych, którzy przeżyli najazd nawracali przemocą i germanizowali. Krzyżacy budowali zamki, zakładali miasta, sprowadzali osadników z Niemiec (późniejsi Prusacy). Do końca XIII w. stworzyli w Prusach potężne państwo ze stolicą w Malborku (od 1309 r.)
Na początku XIII w. mieszczanie gdańscy zagrożeni przez Brandenburczyków poprosili o pomoc WładysławaŁokietka. Ten zajęty walkami z Wacławem, polecił poprosić o pomoc Krzyżaków, którzy wykorzystali sytuację i podstępem zajęli Pomorze Gdańskie. W 1308 r. opanowali Gdańsk i wymordowali jej mieszkańców (rzeź Gdańska). Następnie bez walki opanowali Tczew. Gdy król podjął rokowania w sprawie zajęcia Pomorza, Zakon wystawił rachunek za odsiecz i zaproponował wykup Pomorza, jednocześnie zajmując Świecie. W 1309 r. Polacy złożyli skargę na Zakondo papieża. Pierwszy proces odbył się w Inowrocławiu. Komisja nakazała zwrócić Polsce Pomorze i zapłacić odszkodowanie. Wykorzystując krzyżacko- luksemburskie zaangażowanie na Litwie, wojska Łokietka zaatakowały Ziemię Chełmińską. Rozpoczęła się kilkuletnia wojna zakończona bitwą pod Płowcami (29 września 1331 r.). Krzyżacy odstąpili od oblężenia Brześcia i wycofali się za Toruń.
Następca Łokietka, Kazimierz Wielki, doprowadził w 1339 r. do drugiego procesu w Warszawie. Legaci papiescy przyznali Polsce utracone terytoria, jednakże wykonanie wyroku zostało zawieszone. Dzięki staraniom arcybiskupa Bogorii zawarto w 1343 r. w Kaliszu traktat, na mocy którego Zakon zwrócił Polsce Kujawy i Ziemię Dobrzyńską, zatrzymując dla siebie Pomorze i Ziemię Chełmińską jako „wieczystą jałmużnę” króla polskiego. W zamian Polacy zrzekli się roszczeń odszkodowawczych za najazdy krzyżackie.
W 1401 r. naŻmudzi wybuchło antykrzyżackie powstanie, które poniosło klęskę. W wyniku podpisanego pokoju w Raciążu Żmudź pozostała w rękach krzyżackich, a za Ziemię Dobrzyńską Zakon zażądał od króla Jagiełły 40 tys. florenów. Po wyborze na wielkiego mistrza Ulryka von Jungingena Polska zaczęła się przygotowywać do wojny. Iskrą zapalną stało się kolejne powstanie żmudzkie. Król Polski zadeklarował pomoc powstańcom, więc wielki mistrz wypowiedział Polsce wojnę. Najechał Ziemię Dobrzyńską i Bydgoszcz, ale zdołała je odzyskać armia polska. Zawarto rozejm zimowy na przygotowanie zapasów, organizowanie armii i mobilizowanie sojuszników. Na początku lipca 1410 r. doszło do koncentracji polskich wojsk w rejonie Czerwińska, gdzie przekroczono Wisłę mostem pontonowym.Wojska polsko- litewskie wkroczyły na tereny Państwa Zakonnego, zaskakując Krzyżaków, którzy przesunęli się w rejon Kurzętnika. Jagiełło tymczasem zniszczył Dąbrówno. Do walnej bitwy doszło 15 lipca 1410 r. w rejonie wsi Grunwald, Łodwigowo i Stębark.
Bitwa pod Grunwaldem była jedną z największych w ówczesnej Europie. Siły polskie oszacowano na ok. 20 tys. rycerzy,a litewskie-10 tys. Rycerzy; zorganizowane były na zasadzie pospolitego ruszenia, dowodził nimi sam Władysław Jagiełło. Natomiast wojska krzyżackie obliczono na ok.16 tys. rycerzy. Na początku do walki ruszyły wojska litewskie ( z kilkoma chorągwiami )ustawione na prawym skrzydle. Atak ten załamał sięi sprzymierzeni rozpoczęli odwrót, ale wyłom został zaryglowany chorągwiami smoleńskimi. Następnie do boju ruszyła polska ciężka jazda, której atak zakończył się sukcesem. Po rozbiciu głównych sił zakonnych, Polacy zajęli obóz krzyżacki. Zwycięstwo było zupełne. W bitwie polegli prawie wszyscy wyżsi dostojnicy zakonni z wielkim mistrzem na czele.
Wygrana otworzyła Polakom drogę na Malbork. Stanęli tam już 25 lipca 1410 r. i rozpoczęli oblężenie; jednak po dwóch miesiącach król nakazał odwrót. Pod Koronowem pokonano posiłki krzyżackie. Pod koniec roku rozpoczęto rokowania zakończone podpisaniem pierwszego pokoju toruńskiego- 1 lutego 1411 r. Żmudź zwrócono Litwie, ale tylko na czas życia Jagiełły i Witolda, Polska odzyskała Ziemię Dobrzyńską, a losie Santoka i Drezdenka miał zadecydować sąd polubowny.
Wielka wojna nie rozstrzygnęła konfliktu. Już w 1413 r. Krzyżacy najechali Pomorze Słupskie-doszło do wojny„głodowej”. Siły polsko-litewskie spustoszyły część Ziemi Chełmińskiej, niszcząc krzyżackie zaplecze gospodarcze. Zawarto rozejm, oddając spór pod osąd soboru. W 1419 r. papież zdecydował, że spór rozstrzygnie król Węgier. A ten zatwierdził postanowienia toruńskie. Jagiełło wtedy wznowił walki, które zakończyły się pokojem w Mełnie. Korona odzyskała Nieszawę i Orłów, a Litwa Żmudź.
Kolejny konflikt zbrojny rozpętał Świdrygiełło- brat króla, który sprzymierzył się z Krzyżakami. Walki trwały cztery lata (1431-1435). Krzyżacy pustoszyli Kujawy i Wielkopolskę- bitwa pod Dąbkami(13 września 1431 r.). Jagiełło natomiast zorganizował wyprawę na ziemie Zakonu. Ostatecznie Świdrygiełło został pokonany pod Wiłkomierzem( już po śmierci króla) i podpisano pokój wieczysty w Brześciu. Zakon musiał zapłacić odszkodowanie za naruszenie rozejmu łęczyckiego i gwarantował swobodną wymianę handlową.
W 1440 r. rycerstwo chełmińskie i mieszczanie Torunia i Chełmna zawiązali Związek Pruski. Na wniosek likwidacji Związku prze władze Zakonu, w Prusach wybuchło powstanie. Związkowcy zdobyli Toruń, gdzie zburzyli zamek, jednocześnie wysyłając poselstwo do Kazimierza Jagiellończyka. 6 marca 1454 r. król inkorporował Prusy i wyruszył na Pomorze. Wojska polskie zostały rozbite pod Chojnicami i Krzyżacy mogli odzyskać większość zamków. Podczas letniej ofensywa w 1457 r. udało się królowi wykupić Malbork z rąk najemników, a flota gdańska pokonała pod Bornholmem posiłki krzyżackie. W 1462 r. pokonali Krzyżaków pod Świeciem, a rok później flota polska zwyciężyła flotę zakonną na Zalewie Wiślanym. Ostatnim punktem oporu były Chojnice, które padły w 1466 r. wojna zakończyła się podpisaniem tzw. II pokoju w Toruniu. Zakon przekazywał Polsce Pomorze Gdańskie, Warmię, Ziemię Chełmińską i Michałowską, zaś z pozostałych terenów wielki mistrz złożył królowi hołd lenny.
W 1472 r. król Kazimierz Jagiellończyk sprzeciwił się kandydaturze Mikołaja Tungena na biskupa warmińskiego. Biskup elekt opanował większość Warmii i zawarł sojusz z Zakonem i królem Węgier. Wielki mistrz odmówił hołdu królowi polskiemu i w 1478 r. zajął Brodnicę, Chełmno i Starogard, rozpoczynając tzw. wojnę popią. Polska wyprawa odwetowa osiągnęła pełny sukces: odzyskała utracone tereny oraz zmusiła biskupa i wielkiego mistrza do ukorzenia się przed polskim władcą.
Ostatni wielki mistrz, Albrecht Hohenzollern, dążył do przywrócenia potęgi Zakonu; król Zygmunt Stary i polski sejm podjęli decyzję o wojnie z Krzyżakami. W pierwszej fazie armia polska zajęła w 1519 r. Pomorze , Kwidzyń i Pasłęk, docierając do Królewca. Nie mogąc go zdobyć, rozpoczęła oblężenie Braniewa. W odpowiedzi Krzyżacy przeprowadzili najazd na Warmię, oblegając z miernym skutkiem Lidzbark. Posiłki krzyżackie zaś zajęły Międzyrzecz, Chojnice, Starogard i Tczew. Pod Gdańskiem nie otrzymały pomocy od Albrechta i wycofały się do Rzeszy. Polacy szybko odzyskali utracone miasta. Krzyżacy tymczasem najechali Ziemię Lubawską, odstąpili od oblężenia Elbląga; w końcu doszło do podpisania rozejmu w 1521 r.
W 1523 r. wielki mistrz po spotkaniu z Marcinem Lutrem przekonał się do sekularyzacji zakonu i stworzenia państwa świeckiego. Jednocześnie jako zwolennik reformacji przeszedł na luteranizm, tracąc tym samym poparcie papieża i ogłosił się księciem w Prusach Książęcych. Księstwo Pruskie było nadal uzależnione od Polski. 10 kwietnia 1525 r. Albrecht złożył na Rynku w Krakowie uroczysty hołd(pruski) Zygmuntowi Staremu, obiecując wierność i pomoc dla Rzeczpospolitej.
Problem krzyżacki, trapiący Polskę przez trzy wieki, wydawał się ostatecznie rozwiązany. Nikt nie przypuszczał, że z Księstwa Pruskiego wyrośnie państwo, które weźmie udział w rozbiorach Polski.
Pomysł sprowadzenia na pogranicze mazowiecko-pruskie zakonu rycerskiego zrodził się na dworze Konrada Mazowieckiego. Zakon taki miał ochraniać ziemie piastowskie przed najazdami plemion pruskich i prowadzić akcję chrystianizacyjną. Rokowania z władzami Zakonu Szpitala Najświętszej Marii Panny Domu Niemieckiego w Jerozolimie zaczęły się w 1226 r., a dwa lata później kilku braci zakonnych przyjęło od Konrada Mazowieckiego Ziemię Chełmińską. W 1230 r. niewielki konwent krzyżacki osiadł koło Torunia, rozpoczynając systematyczny podbój ziem pruskich, wypierając pierwotnych mieszkańców w głąb lasów i mordując, a tych, którzy przeżyli najazd nawracali przemocą i germanizowali. Krzyżacy budowali zamki, zakładali miasta, sprowadzali osadników z Niemiec (późniejsi Prusacy). Do końca XIII w. stworzyli w Prusach potężne państwo ze stolicą w Malborku (od 1309 r.)
Na początku XIII w. mieszczanie gdańscy zagrożeni przez Brandenburczyków poprosili o pomoc Władysława Łokietka. Ten zajęty walkami z Wacławem, polecił poprosić o pomoc Krzyżaków, którzy wykorzystali sytuację i podstępem zajęli Pomorze Gdańskie. W 1308 r. opanowali Gdańsk i wymordowali jej mieszkańców (rzeź Gdańska). Następnie bez walki opanowali Tczew. Gdy król podjął rokowania w sprawie zajęcia Pomorza, Zakon wystawił rachunek za odsiecz i zaproponował wykup Pomorza, jednocześnie zajmując Świecie. W 1309 r. Polacy złożyli skargę na Zakon do papieża. Pierwszy proces odbył się w Inowrocławiu. Komisja nakazała zwrócić Polsce Pomorze i zapłacić odszkodowanie. Wykorzystując krzyżacko- luksemburskie zaangażowanie na Litwie, wojska Łokietka zaatakowały Ziemię Chełmińską. Rozpoczęła się kilkuletnia wojna zakończona bitwą pod Płowcami (29 września 1331 r.). Krzyżacy odstąpili od oblężenia Brześcia i wycofali się za Toruń.
Następca Łokietka, Kazimierz Wielki, doprowadził w 1339 r. do drugiego procesu w Warszawie. Legaci papiescy przyznali Polsce utracone terytoria, jednakże wykonanie wyroku zostało zawieszone. Dzięki staraniom arcybiskupa Bogorii zawarto w 1343 r. w Kaliszu traktat, na mocy którego Zakon zwrócił Polsce Kujawy i Ziemię Dobrzyńską, zatrzymując dla siebie Pomorze i Ziemię Chełmińską jako „wieczystą jałmużnę” króla polskiego. W zamian Polacy zrzekli się roszczeń odszkodowawczych za najazdy krzyżackie.
W 1401 r. na Żmudzi wybuchło antykrzyżackie powstanie, które poniosło klęskę. W wyniku podpisanego pokoju w Raciążu Żmudź pozostała w rękach krzyżackich, a za Ziemię Dobrzyńską Zakon zażądał od króla Jagiełły 40 tys. florenów. Po wyborze na wielkiego mistrza Ulryka von Jungingena Polska zaczęła się przygotowywać do wojny. Iskrą zapalną stało się kolejne powstanie żmudzkie. Król Polski zadeklarował pomoc powstańcom, więc wielki mistrz wypowiedział Polsce wojnę. Najechał Ziemię Dobrzyńską i Bydgoszcz, ale zdołała je odzyskać armia polska. Zawarto rozejm zimowy na przygotowanie zapasów, organizowanie armii i mobilizowanie sojuszników. Na początku lipca 1410 r. doszło do koncentracji polskich wojsk w rejonie Czerwińska, gdzie przekroczono Wisłę mostem pontonowym. Wojska polsko- litewskie wkroczyły na tereny Państwa Zakonnego, zaskakując Krzyżaków, którzy przesunęli się w rejon Kurzętnika. Jagiełło tymczasem zniszczył Dąbrówno. Do walnej bitwy doszło 15 lipca 1410 r. w rejonie wsi Grunwald, Łodwigowo i Stębark.
Bitwa pod Grunwaldem była jedną z największych w ówczesnej Europie. Siły polskie oszacowano na ok. 20 tys. rycerzy, a litewskie-10 tys. Rycerzy; zorganizowane były na zasadzie pospolitego ruszenia, dowodził nimi sam Władysław Jagiełło. Natomiast wojska krzyżackie obliczono na ok.16 tys. rycerzy. Na początku do walki ruszyły wojska litewskie ( z kilkoma chorągwiami )ustawione na prawym skrzydle. Atak ten załamał się i sprzymierzeni rozpoczęli odwrót, ale wyłom został zaryglowany chorągwiami smoleńskimi. Następnie do boju ruszyła polska ciężka jazda, której atak zakończył się sukcesem. Po rozbiciu głównych sił zakonnych, Polacy zajęli obóz krzyżacki. Zwycięstwo było zupełne. W bitwie polegli prawie wszyscy wyżsi dostojnicy zakonni z wielkim mistrzem na czele.
Wygrana otworzyła Polakom drogę na Malbork. Stanęli tam już 25 lipca 1410 r. i rozpoczęli oblężenie; jednak po dwóch miesiącach król nakazał odwrót. Pod Koronowem pokonano posiłki krzyżackie. Pod koniec roku rozpoczęto rokowania zakończone podpisaniem pierwszego pokoju toruńskiego- 1 lutego 1411 r. Żmudź zwrócono Litwie, ale tylko na czas życia Jagiełły i Witolda, Polska odzyskała Ziemię Dobrzyńską, a losie Santoka i Drezdenka miał zadecydować sąd polubowny.
Wielka wojna nie rozstrzygnęła konfliktu. Już w 1413 r. Krzyżacy najechali Pomorze Słupskie-doszło do wojny„głodowej”. Siły polsko-litewskie spustoszyły część Ziemi Chełmińskiej, niszcząc krzyżackie zaplecze gospodarcze. Zawarto rozejm, oddając spór pod osąd soboru. W 1419 r. papież zdecydował, że spór rozstrzygnie król Węgier. A ten zatwierdził postanowienia toruńskie. Jagiełło wtedy wznowił walki, które zakończyły się pokojem w Mełnie. Korona odzyskała Nieszawę i Orłów, a Litwa Żmudź.
Kolejny konflikt zbrojny rozpętał Świdrygiełło- brat króla, który sprzymierzył się z Krzyżakami. Walki trwały cztery lata (1431-1435). Krzyżacy pustoszyli Kujawy i Wielkopolskę- bitwa pod Dąbkami(13 września 1431 r.). Jagiełło natomiast zorganizował wyprawę na ziemie Zakonu. Ostatecznie Świdrygiełło został pokonany pod Wiłkomierzem( już po śmierci króla) i podpisano pokój wieczysty w Brześciu. Zakon musiał zapłacić odszkodowanie za naruszenie rozejmu łęczyckiego i gwarantował swobodną wymianę handlową.
W 1440 r. rycerstwo chełmińskie i mieszczanie Torunia i Chełmna zawiązali Związek Pruski. Na wniosek likwidacji Związku prze władze Zakonu, w Prusach wybuchło powstanie. Związkowcy zdobyli Toruń, gdzie zburzyli zamek, jednocześnie wysyłając poselstwo do Kazimierza Jagiellończyka. 6 marca 1454 r. król inkorporował Prusy i wyruszył na Pomorze. Wojska polskie zostały rozbite pod Chojnicami i Krzyżacy mogli odzyskać większość zamków. Podczas letniej ofensywa w 1457 r. udało się królowi wykupić Malbork z rąk najemników, a flota gdańska pokonała pod Bornholmem posiłki krzyżackie. W 1462 r. pokonali Krzyżaków pod Świeciem, a rok później flota polska zwyciężyła flotę zakonną na Zalewie Wiślanym. Ostatnim punktem oporu były Chojnice, które padły w 1466 r. wojna zakończyła się podpisaniem tzw. II pokoju w Toruniu. Zakon przekazywał Polsce Pomorze Gdańskie, Warmię, Ziemię Chełmińską i Michałowską, zaś z pozostałych terenów wielki mistrz złożył królowi hołd lenny.
W 1472 r. król Kazimierz Jagiellończyk sprzeciwił się kandydaturze Mikołaja Tungena na biskupa warmińskiego. Biskup elekt opanował większość Warmii i zawarł sojusz z Zakonem i królem Węgier. Wielki mistrz odmówił hołdu królowi polskiemu i w 1478 r. zajął Brodnicę, Chełmno i Starogard, rozpoczynając tzw. wojnę popią. Polska wyprawa odwetowa osiągnęła pełny sukces: odzyskała utracone tereny oraz zmusiła biskupa i wielkiego mistrza do ukorzenia się przed polskim władcą.
Ostatni wielki mistrz, Albrecht Hohenzollern, dążył do przywrócenia potęgi Zakonu; król Zygmunt Stary i polski sejm podjęli decyzję o wojnie z Krzyżakami. W pierwszej fazie armia polska zajęła w 1519 r. Pomorze , Kwidzyń i Pasłęk, docierając do Królewca. Nie mogąc go zdobyć, rozpoczęła oblężenie Braniewa. W odpowiedzi Krzyżacy przeprowadzili najazd na Warmię, oblegając z miernym skutkiem Lidzbark. Posiłki krzyżackie zaś zajęły Międzyrzecz, Chojnice, Starogard i Tczew. Pod Gdańskiem nie otrzymały pomocy od Albrechta i wycofały się do Rzeszy. Polacy szybko odzyskali utracone miasta. Krzyżacy tymczasem najechali Ziemię Lubawską, odstąpili od oblężenia Elbląga; w końcu doszło do podpisania rozejmu w 1521 r.
W 1523 r. wielki mistrz po spotkaniu z Marcinem Lutrem przekonał się do sekularyzacji zakonu i stworzenia państwa świeckiego. Jednocześnie jako zwolennik reformacji przeszedł na luteranizm, tracąc tym samym poparcie papieża i ogłosił się księciem w Prusach Książęcych. Księstwo Pruskie było nadal uzależnione od Polski. 10 kwietnia 1525 r. Albrecht złożył na Rynku w Krakowie uroczysty hołd(pruski) Zygmuntowi Staremu, obiecując wierność i pomoc dla Rzeczpospolitej.
Problem krzyżacki, trapiący Polskę przez trzy wieki, wydawał się ostatecznie rozwiązany. Nikt nie przypuszczał, że z Księstwa Pruskiego wyrośnie państwo, które weźmie udział w rozbiorach Polski.