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Durante este periodo, Toledo se preocupó por legislar sobre la situación del indígena peruano, las ciudades y la minería. Reglamentó el sistema de la mita minera, especialmente en que Huancavelica quedó incorporada al patrimonio real. También estableció la reducción de los indígenas en poblados de tipo occidental, proceso que se había iniciado anteriormente, lo cual facilitaría la tasa y el cobro del tributo. Igualmente dictó ordenanzas sobre las ciudades, muchas de las cuales fueron objeto de mejoras, como Huamanga, Cusco y Lima. Promovió Toledo la investigación sobre el pasado inca, a través de las "Informaciones" y el encargo a Sarmiento de Gamboa para escribir la "Historia Indica". En el aspecto político Toledo consideró necesario acabar con el reducto inca de Vilcabamba, para lo cual organizó una incursión militar. Consiguió capturar al último inca Túpac Amaru, al cual ordenó decapitar, siendo esta demostración de poder innecesaria. El gobierno toledano fue decisivo para la cimentación de la vida colonial peruana. En esos años, el pirata inglés Francis Drake atacó la costa del virreinato. Otras obras de gobierno fueron la reorganización de la universidad de San Marcos y el establecimiento de la Inquisición.