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RESPUESTA: Los métodos comparativos filogenéticos (PCM) utilizan información sobre las relaciones históricas de los linajes (filogenias) para probar hipótesis evolutivas. El método comparativo tiene una larga historia en biología evolutiva; de hecho, Charles Darwin utilizó las diferencias y similitudes entre las especies como una fuente importante de evidencia en El origen de las especies. Sin embargo, el hecho de que los linajes estrechamente relacionados compartan muchos rasgos y combinaciones de rasgos como resultado del proceso de descenso con modificación significa que los linajes no son independientes. Esta realización inspiró el desarrollo de métodos comparativos explícitamente filogenéticos.1 Inicialmente, estos métodos se desarrollaron principalmente para controlar la historia filogenética al probar la adaptación;2 sin embargo, en los últimos años, el uso del término se ha ampliado para incluir cualquier uso de las filogenias en las pruebas estadísticas.3 Aunque la mayoría de los estudios que emplean PCM se centran en organismos existentes; muchos métodos también pueden aplicarse a taxones extintos y pueden incorporar información del registro fósil.4
Los PCM generalmente se pueden dividir en dos tipos de enfoques: aquellos que infieren la historia evolutiva de algunos caracteres (fenotípicos o genéticos) a través de una filogenia y aquellos que infieren el proceso de ramificación evolutiva (tasas de diversificación), aunque hay algunos enfoques que sí hacen ambos a la vez.5 Por lo general, el árbol que se usa junto con los PCM se ha estimado de forma independiente, de modo que se supone que se conocen las relaciones entre los linajes y la longitud de las ramas que los separan.
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